Creado a través del Decreto de Gabinete No. 145 de 3 de junio de 1969, el cual fue subrogado mediante el Decreto Ley No. 6 de 2006, Que reorganiza el Ministerio de Comercio e Industrias y dicta otras disposiciones.
Organismo de administración central para desarrollar y ejecutar las políticas del Gobierno en materia de industria, comercio, hidrocarburos y aprovechamiento de los recursos minerales, sujeto al control y fiscalización de la Contraloría General de la República.
Es el MICI el ente encargado de velar por el cumplimiento de los preceptos del Código de Recursos Minerales, a través de la Dirección Nacional de Recursos Minerales (Decreto Ley No. 6 de 2006).
Toda vez que es la encargada de conocer la actividad de aprovechamiento de los recursos minerales metálicos y no metálicos (en otras palabras, minería), se encuentra vinculada con el Ministerio de Ambiente, pues para la referida actividad es necesaria en la mayoría de los casos la aprobación de un Estudio de Impacto Ambiental (Decreto Ejecutivo No. 123 de 14 de agosto de 2009).
El Ministerio de Comercio e Industria forma parte del Sistema Interinstitucional del Ambiente (SIA).