Ley 44 de 23 de noviembre de 2006, Gaceta Oficial No. 25,680 de 27 de noviembre de 2006, crea la ARAP. (Modificada por la Ley 8 de 25 de marzo de 2015)
Artículo 1. Se crea la Autoridad de los Recursos Acuáticos de Panamá, en lo sucesivo la Autoridad, como entidad rectora del Estado para asegurar el cumplimiento y la aplicación de las leyes y los reglamentos en materia de recursos acuáticos y de las políticas nacionales de pesca y acuicultura que adopte el Órgano Ejecutivo.
La Autoridad tendrá jurisdicción territorial en la República de Panamá y en sus aguas jurisdiccionales de acuerdo con la legislación vigente, así como personalidad jurídica, patrimonio propio y autonomía en su régimen interno, y estará sujeta únicamente a las políticas, a la orientación y a la inspección del Órgano Ejecutivo, y a la fiscalización de la Contraloría General de la República.
Para los fines de esta Ley, la Autoridad, en el ámbito de sus funciones, será representada ante el Órgano Ejecutivo por el Ministerio de Desarrollo Agropecuario.
Son alguno de los objetivos de la Autoridad de los Recursos Acuáticos de Panamá (Artículo 3 de la Ley 44 de 2006):
La estructura orgánica de la ARAP esta compuesta por una Junta Directiva y la Administración General, que son los órganos superiores de dirección (Artículo 7 de la Ley 44 de 2006).
La Junta Directiva de la ARAP, está integrada por diez miembros principales y sus respectivos suplentes, entre los cuales esta, el Ministeriode Ambiente (Artículo 9 de la Ley 44 de 2006).
La ARAP cuenta con la Unidad Ambiental Sectorial (UAS), como organismo de consulta, elevar la conciencia ambiental para promover la conservación y protección de los recursos marinos pesqueros, acuícolas y su interacción con los ecosistemas costeros de los cuales les provee, refugios, crianza y alimentación.
Por otro lado, el Texto Único de la Ley General de Ambiente (Ley 41 de 1 de julio de 1998) dispone en sus artículos 71 a 74 lo siguiente referente a las competencias diferenciadas de la ARAP y MiAMBIENTE:
MiAMBIENTE formulará los planes de conservación de recursos marinos y continentales y fiscalizará su cumplimiento para lograr la conservación, recuperación y uso sostenible de dicho recursos. La ARAP elaborará y aprobará los planes de ordenamiento de los recursos acuáticos, tomando en cuenta los planes de conservación existentes.
MiAMBIENTE coadyuvará con la ARAP para asegurar que las normas sobre recursos acuáticos que esta elabore con base en sistemas de ordenamiento pesquero procuren el uso sostenible de dichos recursos.
Los recursos marinos y costeros son bienes de dominio público del Estado, y su aprovechamiento, manejo y conservación estarán sujetos a las disposiciones que, para tal efecto, emita MiAMBIENTE, sin perjuicio de la competencia en materia de recursos acuáticos otorgada a la ARAP de conformidad con lo que dispone la Ley 44 de 2006.
El MiAMBIENTE y ARAP darán prioridad, en sus políticas, a la conservación de ecosistemas marinos y de aguas continentales con niveles altos de diversidad biológica y productividad, tales como los ecosistemas de arrecifes de coral, estuarios, humedales y otras zonas de reproducción y cría. Las medidas de conservación de humedales establecerán la protección de las aves acuáticas.